Las herramientas disponibles en la práctica clínica ante un paciente con cáncer han aumentado sustancialmente durante los últimos años, gracias al conocimiento más profundo sobre la genética y la biología del cáncer, el desarrollo de tratamientos dirigidos, así como la disponibilidad de tecnologías de secuenciación y computacionales de alto rendimiento. Los estudios genéticos en tumor pueden permitir detectar resistencias a fármacos, recomendar tratamientos dirigidos, ayudar al diagnóstico o predecir un pronóstico. Esta información genética, junto a otros resultados moleculares, datos clínicos y anatomo-patológicos del paciente, es clave para la toma de decisiones clínicas, en el contexto de la bien conocida Medicina de Precisión o Medicina Personalizada.
Dada la heterogeneidad y complejidad genética característica del cáncer, el uso de la secuenciación NGS es de gran utilidad en estos estudios. Los paneles de NGS permiten la detección de variantes somáticas, que se pueden encontrar en una baja proporción en la muestra tumoral y además, el estudio de varios genes y diferentes tipos de biomarcadores genéticos en una única prueba, reduciendo así el coste, tiempo y cantidad de muestra requerida.
Con el objetivo de dar respuesta a las necesidades actuales en cuanto a estudios genéticos útiles y fiables en el manejo de pacientes oncológicos, se ha desarrollado el panel NGS para el estudio de tumores sólidos del adulto, Action OncoKitDx de Imegen, Health in Code group. Este panel permite, a través de un único análisis de ADNseq, el abordaje integral de los principales biomarcadores accionables relevantes para el manejo clínico de pacientes con cáncer, dentro del contexto de la medicina personalizada. Su utilidad clínica ha sido validada mediante un estudio multicéntrico, demostrando una alta especificidad, reproducibilidad y sensibilidad para la identificación de todos los biomarcadores en las muestras tumorales sólidas. Así mismo, está previsto que se optimice para su uso en biopsia líquida.
El panel de NGS Action OncoKitDx captura todos los genes supresores de tumores u oncogenes contemplados actualmente en el standard of care de los laboratorios de diagnóstico clínico para una amplia gama de tipos tumorales del adulto. Incluye los biomarcadores accionables, pronósticos, diagnósticos y de respuesta al tratamiento más relevante, determinados por la National Comprehensive Cancer Network (NCCN) y la Sociedad Española de Oncología Médica (SEOM) o relacionados con tratamientos aprobados por organizaciones internacionales como la Food & Drug Administration (FDA) y la European Medicines Agency (EMA). Además, interroga otros genes implicados en la tumorigénesis y posibles dianas para terapias que se están probando en ensayos clínicos. Para ello, el panel Action OncoKitDx proporciona la secuenciación completa de los 58 genes más relevantes en cáncer de adultos, el análisis de fusiones de 11 genes (con cualquier partner del genoma) relacionados con terapias dirigidas, la detección de variantes de número de copias (CNVs) en todo el genoma, el análisis de inestabilidad de microsatélites (MSI) a partir de 110 marcadores y la farmacogenética asociada a la toxicidad o eficacia de los tratamientos utilizados en oncología, permitiendo obtener una información genética global sobre el tumor, integrada en un único estudio.
“La determinación del análisis de microsatélites se ha convertido en el primer biomarcador predictivo de respuesta a pembrolizumab aprobado por la FDA”
Esta estrategia muestra ventajas significativas para el estudio somático en cáncer. Por una parte, la secuenciación de genes completos frente a las pruebas de genes individuales o hotspots, permite no sólo detectar las mutaciones más frecuentemente descritas, sino también otras que podrían ser clínicamente relevantes. Por otra parte, la determinación del análisis de microsatélites se ha convertido en el primer biomarcador predictivo de respuesta a pembrolizumab aprobado por la FDA. La evaluación de la MSI como biomarcador predictivo de respuesta a la inmunoterapia, está emergiendo como método alternativo más fiable que la detección de la expresión de PD-L1 y podría aportar también información pronóstica en algunos tipos de tumores. Su estudio puede proporcionar opciones terapéuticas, no sólo en los tipos tumorales más frecuentes, sino también para los tipos de cáncer en los que el estado de inestabilidad de microsatélites no se determinaría de forma rutinaria debido a su baja incidencia.
Así mismo, el estudio de variantes de número de copias (CNVs), permite detectar, no solo ganancias/amplificaciones y deleciones a nivel de genes individuales, sino también grandes pérdidas y ganancias de brazos cromosómicos o cromosomas completos, que permiten identificar patrones clínicamente relevantes, como la co-deleción -1p/-19q en gliomas.
En conclusión, la integración del análisis de diferentes alteraciones genómicas en una sola prueba a partir de ADN, mediante la secuenciación de paneles de genes como Action OncoKitDx, proporciona una alternativa rentable, fiable y útil en la toma de decisiones clínicas, permitiendo la incorporación de la información genética tumoral en la práctica asistencial. Se espera que la capacidad de estudiar fenómenos biológicos a un nivel ómico continúe dando lugar a avances significativos en medicina de precisión y en la identificación de nuevas alteraciones potencialmente tratables que puedan mejorar la supervivencia de los pacientes.
Bibliografía
-Martínez-Fernández, P., Pose, P., Dolz-Gaitón, R., García, A., Trigo-Sánchez, I., Rodríguez-Zarco, E., Garcia-Ruiz, MJ., Barba, I., Izquierdo-García, M., Valero-Garcia, J., Ruiz C., Lázaro, M., Carbonell, P., Gargallo, P., Méndez, C., Ríos-Martín, JJ., Palmeiro-Uriach, A., Camarasa-Lillo, N., Forteza-Vila, J., Calabria I. (2021) Comprehensive NGS Panel Validation for the Identification of Actionable Alterations in Adult Solid Tumors. J Pers Med. Apr 29;11(5):360. doi: 10.3390/jpm11050360.
-Kamps, R., Brandão, R. D., Bosch, B. J., Paulussen, A. D., Xanthoulea, S., Blok, M. J., & Romano, A. (2017). Next-Generation Sequencing in Oncology: Genetic Diagnosis, Risk Prediction and Cancer Classification. International journal of molecular sciences, 18(2), 308. https://doi.org/10.3390/ijms18020308
-Calabria, I., Pedrola, L., Berlanga, P., Aparisi, M. J., Sánchez-Izquierdo, D., Cañete, A., Cervera, J., Millán, J. M., & Castel, V. (2016). El nuevo reto en oncología: la secuenciación NGS y su aplicación a la medicina de precisión [The new challenge in oncology: Next-generation sequencing and its application in precision medicine]. Anales de pediatria (Barcelona, Spain : 2003), 85(5), 273.e1–273.e7. https://doi.org/10.1016/j.anpedi.2016.05.006
-Le, D. T., Uram, J. N., Wang, H., Bartlett, B. R., Kemberling, H., Eyring, A. D., Skora, A. D., Luber, B. S., Azad, N. S., Laheru, D., Biedrzycki, B., Donehower, R. C., Zaheer, A., Fisher, G. A., Crocenzi, T. S., Lee, J. J., Duffy, S. M., Goldberg, R. M., de la Chapelle, A., Koshiji, M., … Diaz, L. A., Jr (2015). PD-1 Blockade in Tumors with Mismatch-Repair Deficiency. The New England journal of medicine, 372(26), 2509–2520. https://doi.org/10.1056/NEJMoa1500596
-Masucci, G. V., Cesano, A., Hawtin, R., Janetzki, S., Zhang, J., Kirsch, I., Dobbin, K. K., Alvarez, J., Robbins, P. B., Selvan, S. R., Streicher, H. Z., Butterfield, L. H., & Thurin, M. (2016). Validation of biomarkers to predict response to immunotherapy in cancer: Volume I - pre-analytical and analytical validation. Journal for immunotherapy of cancer, 4, 76. https://doi.org/10.1186/s40425-016-0178-1.
-Grigg, C., & Rizvi, N. A. (2016). PD-L1 biomarker testing for non-small cell lung cancer: truth or fiction?. Journal for immunotherapy of cancer, 4, 48. https://doi.org/10.1186/s40425-016-0153-x.
-Madore, J., Strbenac, D., Vilain, R., Menzies, A. M., Yang, J. Y., Thompson, J. F., Long, G. V., Mann, G. J., Scolyer, R. A., & Wilmott, J. S. (2016). PD-L1 Negative Status is Associated with Lower Mutation Burden, Differential Expression of Immune-Related Genes, and Worse Survival in Stage III Melanoma. Clinical cancer research: an official journal of the American Association for Cancer Research, 22(15), 3915–3923. https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-15-1714.
